國內外開展微生物檢測的食品種類較多，食品分類方法也不盡相同。總的來看涉及微生物檢測的食品種類主要有：奶制品、預烹煮食品、飲用水、蛋制品、水果、谷物、嬰幼兒食品、肉及肉制品、軟體動物、禽肉、貝類、白明膠、香草(藥)、即食食品、罐頭食品、調味品，粉類制品、豆制品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜點、蔬菜、藻類、食療食品、米面制品等。

我國開展微生物檢測的重點食品種類為：奶制品、罐頭食品、調味品、蛋制品、淀粉類制品、發酵和非發酵性豆制品、冷凍飲品、糖果、飲用天然礦泉水等，其中食糖以及保健品的微生物檢測為我國所**。

1、生產環境的檢測：車間用水、空氣、地面、墻壁等。

2、原輔料檢測：包括食用動物、谷物、添加劑等一切原輔材料。

3、食品加工、儲藏、銷售諸環節的檢測：包括食品從業人員的衛生狀況檢測、加工工具、運輸車輛、包裝材料的檢測等。

4、食品的檢測：對出廠食品、可疑食品及食物中毒食品的檢測。

食品微生物檢測

每種指標都有一種或幾種檢測方法，可根據不同的食品、不同目的來選擇恰當的檢測方法。通常所用的常規檢測方法為現行國家標準，或國際標準，(如FAO標準、WHO標準等)，或食品進口國的標準(如美國FDA標準、日本厚生省標準、歐共體標準等)。

食品衛生微生物檢測室接到檢測申請單，應立即登記，填寫試驗序號，并按檢測要求立即將樣品放在冰箱或冰盒中，積極準備條件進行檢測。

一般陽性樣品發出后3d(特殊情況可適當延長)方能處理樣品；進口食品的陽性樣品，需保存6個月方能處理。陰性樣品可及時處理。